Костел будували одночасно з монастирем для католицьких ченців (тринітаріїв) «Ордена Пресвятої Трійці». Тринітарії після прибуття в Прагу у 1705 р. подали прохання про створення свого конвенту. Отримавши імператорське схвалення, монахи 1708 р. викупили в Празі 4 будинки на території єврейського кладовища, закритого ще в 1478 р. На цьому місці вирішили звести храм. Архітектором вибрали Октавіо Броджі, а головними будівельниками - Криштофа Дінценхофера і Яна Їржі Айхбауера. Основна частина роботи підійшла до завершення в 1712 р. У червні 1713 р. єпископ Данило Йосип Майер провів церковний обряд освячення. Реформами 1783 р. були скасовані конвенція і сама церква Пресвятої Трійці. Лише завдяки протестам віруючих імператор Йосиф II відновив духовний статус храму.
Символіка Трійці проглядається в образі Костелу, починаючи з фасаду, розділеного на три частини (нефи) з трьома вхідними порталами і вікнами над ними. Основний вхід в середньому, головному нефі трохи ширше, на поверх вище і виділяється невеликим ризалітом. Будову вінчає розташований над центральною частиною купол з башточкою, а з боків фасаду височать постаті святих. Над головним входом барельєфний напис 1713 р. нагадує про донаторів (сучасною мовою - спонсорів) костелу.
Праворуч від будівлі, на вулиці, встановлена статуя святого Іоанна Непомуцького 1723 року в сучасній кубістській арці, зліва - статуя святого Юди Тадея 1734 р. Головне надбання і гордість храму - розташовані на стінах безцінні фрески 1778 р. Церковний звід розписував Антонін Шлахтер. Запрестольний образ на вівтарній картині писав Франц Антон Маульберч.
У 1979 р. костел Пресвятої Трійці закрили. Під ним велося будівництво лінії метро, і в зв'язку з підземними роботами стара на той час будівля могла зруйнуватися. Частину начиння і меблів перевезли в сховище, багато було розграбовано.
Після обвалення даху церкви на початку 1990-х років комісія з охорони пам'яток і влада розглядала питання про знесення будови. На радість віруючих і небайдужих городян, храм врятували, а в 1994 р. почалися роботи по реконструкції. Перш відремонтували крокви, дах, відреставрували фасад. Художнім оформленням після відновлення займалися реставратори Славікови. Роботи завершилися у 2004 році, і церкву відкрили для відвідування.
У 2006 році було прийнято рішення костел передати греко-католицькому Апостольському екзархату, щоб створити умови для проведення богослужінь і життя громади. З 2009 р. віруючі з України, Словаччини та інших країн, які проживають в Празі, приходять на служби, збираються на церковні свята. Служби ведуться словацькою та старослов'янською мовами.
Baznī ca celta vienlaikus ar katoļ u mū ku (trinitā rieš u) klosteri "Sv. Trī svienī bas ordenis". Pē c ieraš anā s Prā gā.1705. gadā trinitā rieš i pieteicā s paš i savā kongresā . Saņ ē muš i imperatora atļ auju, mū ki 1708. gadā Prā gā nopirka 4 mā jas ebreju kapsē tas teritorijā , kas tika slē gta 1478. gadā . Š ajā vietā viņ i nolē ma uzcelt templi. Par arhitektu tika izvē lē ts Oktavio Brodž i, bet par galvenajiem bū vniekiem – Kristofs Dincenhofers un Jans Jiri Eič bauers. Galvenā darba daļ a tika pabeigta 1712. gadā . 1713. gada jū nijā bī skaps Daniels Dž ozefs Majers vadī ja baznī cas iesvē tī š anas ceremoniju. 1783. gada reformas atcē la konvenciju un paš u Sv. Trī svienī bas baznī cu. Tikai ar ticī go protestiem imperators Dž ozefs II atjaunoja tempļ a garī go statusu.
Trī svienī bas simbolika redzama Baznī cas tē lā , sā kot no fasā des, sadalī ta trī s daļ ā s (navā s) ar trim ieejas portā liem un logiem virs tiem.
Pē c tam, kad 90. gadu sā kumā baznī cai iebruka jumts, pieminekļ u aizsardzī bas komisija un varas iestā des izskatī ja ē kas nojaukš anu. Par prieku ticī gajiem un satrauktajiem pilsoņ iem templis tika izglā bts, un 1994. gadā sā kā s rekonstrukcijas darbi. Vispirms tika salabotas spā res un jumts, kā arī atjaunota fasā de. Slavikova restauratori pē c restaurā cijas nodarbojā s ar mā ksliniecisko noformē jumu. Darbi tika pabeigti 2004. gadā , un baznī ca tika atvē rta sabiedrī bai.
2006. gadā tika nolemts baznī cu nodot Grieķ ijas katoļ u apustuliskajam eksarhā tam, lai radī tu apstā kļ us dievkalpojumam un kopienas dzī vei. Kopš.2009. gada Prā gā dzī vojoš ie ticī gie no Ukrainas, Slovā kijas un citā m valstī m apmeklē dievkalpojumus un pulcē jas baznī cas svē tkos. Pakalpojumi tiek sniegti slovā ku un senslā vu valodā s.